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La prueba de los Anticuerpos anti-Saccharomyces cerevisiae (ASCA) se emplea para distinguir entre enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa, que son los dos tipos más comunes de enfermedad inflamatoria intestinal (EII). La asociación entre la presencia de anticuerpos frente a S. cerevisiae y su participación en el desarrollo de la enfermedad inflamatoria intestinal no se conoce totalmente. Las EII suelen diagnosticarse mediante pruebas que no son propiamente del laboratorio, como biopsias intestinales; no obstante, en algunos casos puede resultar difícil distinguir entre enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa. Para saber de qué tipo de EII se trata, la prueba de los ASCA se solicita normalmente junto con otros anticuerpos como ANCA, anti-CBir1 y anti-Omp C. Los ASCA son más frecuentes en enfermedad de Crohn mientras que los ANCA son más frecuentes en la colitis ulcerosa. La presencia de anticuerpos anti-CBir1 (anti-flagelina) y anti-Omp C es indicativa de enfermedad de Crohn.