El examen microscópico directo de una muestras clínica correctamente tomada es el medio simple y rápido de detectar una infección fúngica. Cuando los elementos fúngicos están presentes en número suficiente se puede establecer una orientación diagnóstica presuntiva y en ocasiones definitiva, lo que permitirá la instauración temprana de una terapia antifúngica, siendo éste uno de los factores esenciales en el pronóstico de las micosis en los inmunodeprimidos. En algunos casos el diagnóstico microscópico puede ser la única evidencia de infección fúngica y en otros, su negatividad puede sustentar la interpretación de aislamientos como contaminantes.
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